A análise espectral de cariótipos é uma tecnologia de citogenética. Ela permite que se visualize e estude todos os 23 pares de cromossomos de forma simultânea, são feitas sondas fluorescentes marcadas para cada cromossomo ao se marcar o DNA especifico de cada cromosomo com diferentes fluoroforos. Por haver um número limitado de fluoroforos diferentes espectramente, é usado um metodo de etiquetamento diferente combinatório para que sejam geradas muitas cores diferentes. As diferenças espectrais que são geradas pelo etiquetamento combinatório, são capturadas e analisadas usando um interferómetro agregado a um microscópio de fluorescência. O programa de processamento de imagens então atribui um pseudocolorido à cada combinação espectralmente diferente, permitindo a visualização de cromosomos coloridos.
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